Основными задачами международного сотрудничества КарНЦ РАН являются:
Интеграция в мировую систему науки на основе долговременного и взаимовыгодного сотрудничества Создание условий для плодотворной международной научной деятельности Продвижение и представление за рубежом интересов России и Республики Карелия в области науки
Учеными КарНЦ РАН ежегодно реализуется около 50 международных проектов, выполняемых с участием зарубежных партнеров. География партнерских связей Центра достаточно обширна и охватывает более 80 организаций из 21 страны. КарНЦ РАН активно участвует в сотрудничестве, осуществляющемся в рамках программ Европейского союза, Совета министров Северных стран, Баренцева Евро-Арктического региона (БЕАР), Совета государств Балтийского моря (СГБМ), арктического региона. Центр является членом международной сети Университета Арктики. КарНЦ РАН является наблюдателем в Совете Ассоциации Зеленого пояса Европы, его представители входят в трехстороннюю Рабочую группу по Зеленому поясу Фенноскандии, а также в российско-финляндскую Рабочую группу по охране природы. КарНЦ РАН активно сотрудничает с Рабочей группой по окружающей среде Совета Баренцева/Евроарктического региона (СБЕР).
Традиционно основным партнером в международном сотрудничестве КарНЦ РАН является Финляндия: по количественным показателям (число проектов, обмен специалистами, совместные экспедиции, стажировки, научные конференции) на долю сотрудничества с Финляндией приходится около 70 процентов.
Отдел международного сотрудничества КарНЦ РАН координирует работу Центра по организации выполнения научных исследований в рамках международных проектов, проводит работу по установлению контактов с зарубежными организациями и учеными, представляет интересы Центра на международном уровне.